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特刊研究了研究人员如何使用生物信息学来了解

发布时间:2019-06-24 19:28:09

特刊研究了研究人员如何使用生物信息学来了解植物形态 2014年8月30日 随着技术的进步,科学越来越多地关注数据 - 如何收集,组织和分析数据。建立分析和共享数据的关键数据库是

  特刊研究了研究人员如何使用生物信息学来了解植物形态

  2014年8月30日

  随着技术的进步,科学越来越多地关注数据 - 如何收集,组织和分析数据。建立分析和共享数据的关键数据库是生物信息学的核心,或者是使用计算机和软件收集,分类,存储和分析生物化学和生物信息。生物信息学中使用的工具和方法有助于分子遗传学和基因组学等领域的发展。但是,在植物科学中,生物信息学和生物识别技术被用于所有领域 - 不仅仅是基因组学 - 使研究人员能够利用丰富多样的数据来源。

  2013年7月,伊利诺伊大学厄本那 - 香槟分校的Surangi Punyasena和密歇根大学的Selena Smith在路易斯安那州新奥尔良举行的植物学会年会上组织了一次特别会议。他们邀请了植物形态学家,系统学家和古植物学家,以及计算机科学家,应用数学家和信息学家 - 所有这些人都有兴趣开发或应用新的生物识别或生物信息学方法来植物的形式和功能。目标:为植物形态定量分析主题提供跨学科交流思想和方法的论坛。

  正如Punyasena所解释的那样,“形态学的定量分析是生物信息学的下一个前沿。人类非常善于学习识别形状和纹理,但是存在许多问题,其中仅使用专家导出的定性数据难以实现准确性和一致性,并且在许多领域中,通常只有有限数量的专家受过这些视觉训练。 。

   评估"

  该会议的结果以及受邀论文发表在8月份的“植物科学应用”杂志上,作为植物形态学中生物信息学和生物统计学方法的特刊。当然,形态学是对形式的研究,并且在该系列文章中表现出的形式具有广泛的范围 - 从微观花粉粒和木炭颗粒到宏观叶和整个根系。该问题中提出的方法,无论是近期的还是新兴的,都是多种多样的,包括自动分类和识别,几何形态测量学和骨架网络,以及人类评估极限的测试。

  相关故事心脏病发作中更容易发生心脏病,而且发病率正在上升1中国中年成年人患心脏病的风险很高,研究发现,诺沃西娅提高了650万瑞士法郎,将其主动脉,二尖瓣心脏瓣膜推进临床试验中的三篇文章看看生物识别和生物信息学方法在孢粉学中的应用:Han et al。 (2014)引入了具有语义图像搜索功能的在线中新世花粉数据库; Holt和Bebbington(2014)测试了自动花粉分类器的应用;和曼德等人。 (2014)基于表面纹理分析草花粉的人和自动分类的差异。其他论文重点介绍生物识别和生物信息学方法如何更广泛地应用于植物,包括使用骨架网络检查植物形态如根(Bucksch,2014),使用新的协议测量叶片圆形度来改进几何叶形状度量的量化(Krieger, 2014),比较人类和自动化量化叶脉的方面的方法(Green等,2014),并将形态测量学应用于炭化植物遗骸(Crawford和Belcher,2014)。

  总的来说,该问题为计算和形态测量方法的重要性提供了令人信服的论据。

  “我认为在形态测量方法方面有一种复兴,”注意Punyasena。

   “新技术正在使用易于访问的高质量数字成像,功能强大的计算机,以及机器学习等计算分析的进步,以重新思考我们收集和分析形态数据的方式。”

  随着技术的进步使研究人员能够收集越来越多的形态学和基于图像的数据,能够快速,准确,一致和客观地分析和解释这些数据变得越来越重要。生物识别和生物信息学方法使这成为可能,并揭示从植物的形状和形式收集的数据作为遗传数据的丰富数据来源的潜力。

  资料来源:美国植物学杂志